Am 1. Januar 1875 erhielt der kleine Ort Waldkirch eine 7,12 km lange Eisenbahnverbindung von Denzlingen. Damit war das Reisen zum nahe gelegenen Freiburg (Breisgau) möglich. Der Betreiber und Bauherr der Strecke war die Stadtgemeinde Waldkirch. Der Bahnhof war Kopfbahnhof und Endpunkt der Strecke, bis zum 20. August 1901, als die 12,20 km lange Verbindung nach Elzach von der Badischen Staatsbahnen fertiggestellt wurde. Waldkirch war nun Durchgangsbahnhof. Der Bahnhof besaß einen Güterbahnhof mit einer 35 Tonnen Gleiswaage, eine Kopf- und Seitenrampe und einem Überladekran. In Empfangsgebäude war ein mechanisches Stellwerk untergebracht.